Нет, нельзя.
Используйте при подсчете сотрудников не среднесписочную численность, а фактическое количество работников, включая совместителей, сотрудников, которые находятся в отпусках, а также исполнителей по гражданско-правовым договорам. Не включайте в общую численность сотрудников, которые работают в обособленных подразделениях в других регионах (п. 2 постановления Главного государственного санитарного врача по Москве от 15.06.2021 №1, п. 2 постановления Главного государственного санитарного врача по Московской области от 16 июня 2021 года № 3).
Для сотрудников, которые находятся в отпуске по уходу за ребенком, никаких исключений нет, их также необходимо вакцинировать, поэтому их в численность включайте, если они работают в Москве или Московской области (разъяснения Оперштаба и Роспотребнадзора Москвы).